Od lutego 2026 r. (duże przedsiębiorstwa) i od kwietnia 2026 r. (pozostali) faktur B2G nie trzeba będzie wysyłać podwójnie – do PEF i do KSeF. Faktury wystawione w PEF, zgodne z normą EN 16931-1:2017, po przesłaniu do KSeF otrzymują numer KSeF i Urzędowe Poświadczenie Odbioru (UPO), co eliminuje dublowanie procesów.

W poniższym opracowaniu przedstawiamy różnice między PEF i KSeF, ich powiązania oraz praktyczne konsekwencje dla działów finansowo-księgowych. Omawiamy zakres obowiązków, standardy, integracje techniczne oraz rekomendacje wdrożeniowe.

Czym jest PEF – system dedykowany zamówieniom publicznym

Platforma Elektronicznego Fakturowania (PEF) powstała w wyniku wdrożenia dyrektywy 2014/55/UE i od 18 kwietnia 2019 r. jest obligatoryjna dla zamówień publicznych powyżej 30 tys. EUR, a od 1 sierpnia 2019 r. – dla wszystkich transakcji B2G. PEF służy nie tylko do przesyłania faktur ustrukturyzowanych, ale również innych dokumentów procesowych, takich jak zamówienia, potwierdzenia odbioru, awiza dostawy czy noty księgowe.

Platforma działa w sieci Peppol, wykorzystując standard EN 16931-1:2017, i jest skierowana do wykonawców realizujących dostawy i usługi dla sektora publicznego (np. szpitale, urzędy, szkoły). Formalnie korzystanie z PEF przez wykonawców nie jest obowiązkowe (art. 4 ust. 2 ustawy o elektronicznym fakturowaniu), ale w praktyce często bywa wymagane przez zamawiających.

Kluczowe cechy PEF:

  • obsługa faktur specjalizowanych – dodatkowe pola zgodne z unijnym standardem ułatwiają rozliczenia;
  • integracja z procesem zamówień publicznych – wsparcie także dla koncesji budowlanych i PPP;
  • pełny obieg dokumentów B2G – wymiana faktur, zamówień, awiz i not z instytucjami publicznymi.

Podstawa prawna: ustawa z 9 listopada 2018 r. o elektronicznym fakturowaniu w zamówieniach publicznych.

KSeF – centralna baza faktur dla całego obrotu gospodarczego

Krajowy System e-Faktur (KSeF), zarządzany przez Krajową Administrację Skarbową, to ogólnokrajowa platforma faktur ustrukturyzowanych. Od 1 lutego 2026 r. obowiązek dotyczy dużych firm (obrót > 200 mln zł lub zatrudnienie > 250 osób w 2024 r.), a od kwietnia 2026 r. – pozostałych przedsiębiorców. Wystawianie w KSeF ma stać się obowiązkowe w lipcu 2026 r.

KSeF obejmuje transakcje B2B, B2G i fakultatywnie B2C, z określonymi wyjątkami (m.in. dla wybranych faktur podatników zwolnionych z VAT). System integruje fakturowanie z rozliczeniami podatkowymi, wspierając automatyczną weryfikację i rozrachunki VAT.

Oto najważniejsze różnice między PEF a KSeF:

Aspekt PEF KSeF
Zakres Tylko zamówienia publiczne (B2G) Wszystkie transakcje (B2B, B2G, B2C)
Dokumenty Faktury + zamówienia, awiza, noty Wyłącznie faktury ustrukturyzowane
Standard Norma EN 16931-1:2017 (Peppol) Schemat MF (zgodny z EN 16931)
Zarządzanie Instytucje zamówień publicznych Krajowa Administracja Skarbowa
Obowiązek Od 2019 r. dla B2G (de facto) Od 2026 r. (etapowo)
Integracja Sieć Peppol Systemy ERP i/lub Peppol

KSeF dopuści ruch Peppol (w tym PEF) przed terminem obowiązkowym dla B2G, co ułatwi ciągłość rozliczeń z sektorem publicznym.

Integracja PEF i KSeF – brak podwójnego wysyłania

Nie ma obowiązku wysyłania tej samej faktury B2G do PEF i do KSeF. Zgodnie z art. 106gb ust. 7 ustawy o VAT, faktura przesłana z PEF/Peppol, zgodna z EN 16931-1:2017, po nadaniu numeru KSeF staje się fakturą ustrukturyzowaną i jest udostępniana odbiorcy wraz z UPO.

Przykładowy przebieg procesu po lutym/kwietniu 2026 r. wygląda następująco:

  1. Firma wystawia fakturę w PEF (np. dla szpitala) przez ERP zintegrowany z Peppol.
  2. Dokument automatycznie trafia do KSeF.
  3. KSeF nadaje numer KSeF i UPO – faktura jest gotowa do rozliczeń podatkowych.
  4. Instytucja publiczna odbiera dokument przez PEF lub KSeF (w zależności od konfiguracji).

Jeśli systemy są zgodne z EN 16931, nie ma potrzeby zmiany procedur po stronie B2G – PEF zapewnia obieg dokumentów, a KSeF obsługuje obowiązki podatkowe.

Praktyczne implikacje dla przedsiębiorców i księgowych

Dla firm realizujących zamówienia publiczne integracja oznacza przede wszystkim dopięcie standardu i interfejsów po stronie systemów ERP:

  • sprawdź zgodność – faktury muszą spełniać EN 16931-1:2017 i wymagania PEF/Peppol;
  • integracja ERP – dostawcy, tacy jak Faktura XL czy Faktura Smart, oferują gotowe moduły KSeF/Peppol;
  • testy – przed 2026 r. przetestuj przesyłanie z PEF do KSeF w środowisku pilotażowym Peppol.

Dla faktur ogólnych B2B kanałem docelowym będzie wyłącznie KSeF (bez PEF). Jednostki sektora publicznego muszą być gotowe do odbioru w KSeF od lutego 2026 r.

Potencjalne wyzwania, na które warto się przygotować:

  • zmiany legislacyjne – przepisy mogą ewoluować, śledź komunikaty MF i eFaktura.gov.pl;
  • koszty wdrożenia – niezbędne aktualizacje oprogramowania finansowo-księgowego i integracji;
  • dobrowolność PEF – mimo braku formalnego obowiązku, zamawiający często wymagają PEF w SIWZ/umowach.

Rekomendacje wdrożeniowe

Aby sprawnie przejść na KSeF i utrzymać zgodność z PEF, zrealizuj poniższe kroki:

  1. Audyt systemów – zweryfikuj ERP pod kątem zgodności z KSeF i Peppol/EN 16931;
  2. Szkolenia – przygotuj zespoły księgowe do wystawiania i odbioru faktur ustrukturyzowanych;
  3. Harmonogram – duże firmy: gotowość od lutego 2026; pozostali: od kwietnia 2026;
  4. Konsultacje – skorzystaj z usług Access Point Peppol i partnerów integracyjnych.
Autor
Paweł Radłowski
Księgowy z 4-letnim doświadczeniem, absolwent Finansów i Rachunkowości SGH. Autor 3 ponad 250 artykułów o podatkach, automatyzacji księgowości i e-commerce, publikowanych w mediach elektronicznych i papierowych. Wdrożył 30+ projektów elektronicznego obiegu dokumentów, a jego szkolenia (800 h) pomogły już ponad 70 przedsiębiorcom obniżyć koszty administracji średnio o 18%.